Планета Зи (Zi) – место, где обитают боевые биомеханические формы жизни, называемые «Заиды» (Zoids). Этих биороботов пилотируют люди, используя их силу в войне против Республики (Republic) и империи Галос (Guylos Empire).
Однажды парень по имени Вэн (Van), которого преследовали разбойники, спрятался в каких-то старых развалинах. Исследуя их, он обнаруживает два кокона в секретной комнате. Вэн вскрывает один из коконов и обнаруживает там странного, похожего на дракона Зоида под названием Орагоноид (Organoid). Открыв второй кокон, он находит в нем загадочную девушку по имени Фиона (Fiona). Вместе с ней Вэн отправляется в путь, чтобы помочь ей вспомнить её прошлое и выяснить, откуда взялись Зоиды. На своем пути они встречают разных людей, с многими из которых они становятся друзьями, наживают себе серьезные проблемы и даже ввязываются в войну, которую пытаются остановить всеми силами.
